يسعى قطاع العمليات بمركز وقاء إلى تحقيق أهداف المركز المتعلقة بإدارة أنشطة الأعمال الفنية في فروع مركز وقاء في مناطق المملكة وحوكمة أعمال التواصل مع الفروع وفق منهجيات واضحة وتبني نهج تقييم أداء مستمر، وإعداد المعايير والشروط والضوابط لإنشاء وتشغيل مختبرات الصحة النباتية والحيوانية، والإشراف على تحقيق وتنفيذ وتقييم أعمال التفتيش والرقابة.