هي الأمراض التي وضعها المركز كأولوية وطنية في الترصد والوقاية والمكافحة وفق منهجية علمية دقيقة لتحقيق المستهدفات الوطنية ذات الصلة بالسيطرة على تلك الأمراض وحماية صحة الإنسان والحيوان والبيئة من آثارها السلبية وهي:
حــــــــمى الوادي الــــمـــــتــــــــصدع
الحمى الـــمــــــــالطية
الـــــحــمى القلاعية
الـــــــســـــعـــــار
طاعون المجترات الــــصـــــــغـــيــــــرة
النيوكــــاســــــــــل
إنفلونــزا الطيور عالي الـــــــــــــــضــــــــــراوة